指導委員會是聯盟開展各項工作的指導機構，對聯盟工作開展給予政策指導和監督。工業和信息化部辛國斌副部長擔任指導委員會主任。

戰略咨詢委員會是聯盟戰略決策咨詢機構，對聯盟推動工業綠色發展提供頂層決策咨詢。中國工程院原院長周濟擔任戰略咨詢委員會主任。

專家委員會是聯盟具體工作開展過程中的專業指導機構，對聯盟推動綠色制造在各區域、各行業、各領域建設實施提供專業保障和組織實施。華東師范大學校長錢旭紅院士擔任專家委員會主任。

理事會是聯盟的決策機構，對聯盟會員大會負責。理事會成員包括數十家世界500強企業以及百余家涵蓋鋼鐵、有色、石化、化工、建材、電力、能源、機械、輕工、紡織、電子信息、節能環保等行業的領軍企業和機構。